In dem Natura-2000-Netz sollen insbesondere Arten und Lebensraumtypen von gemeinschaftlicher Bedeutung für Europa geschützt werden. Die Anhänge der Fauna-Flora-Habitat (FFH)-Richtlinie sowie der Vogelschutzrichtlinie listen diese.
Insgesamt 39 der 231 Lebensraumtypen kommen in Brandenburg vor. Darunter sind 11 prioritäre Lebensraumtypen (*) vertreten, für die das Bundesland eine besondere Verantwortung trägt, da sie extrem selten sind und schwerpunktmäßig hier vorkommen. Beispiele:
Von 1000 Arten, deren Lebensräume im Natura-2000-Netz geschützt werden, sind 44 in Brandenburg zu finden.
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Die zuständigen Fachbehörden zum Thema Natura 2000 in Brandenburg sind das Umweltministerium Brandenburg sowie das Landesamt für Umwelt Brandenburg.