Die Stiftung NaturSchutzFonds Brandenburg koordiniert derzeit in 18 der über 600 Natura 2000-Gebiete Brandenburgs die Managementplanung. Im Rahmen dieser Planung werden Schutz-und Bewirtschaftungspläne erstellt, um die Lebensraumtypen und Tier-und Pflanzenarten der Gebiete dauerhaft zu bewahren.

In mehr als 100 weiteren Natura 2000-Gebieten ist die Stiftung in der Umsetzung der bereits erarbeiteten Managementpläne aktiv. Ziel ist die Umsetzung konkreter Naturschutzmaßnahmen aus den Managementplänen. Mit von der Partie sind die Menschen vor Ort, beispielsweise die Eigentümer und Nutzer von Grünland oder Wald, Seen und Fischteichen. Die Mitarbeiter der Stiftung bieten unter anderem Unterstützung bei der Beantragung von Fördergeldern.