Das FFH-Gebiet „Elbe bei Mühlberg“ umfasst den Elbstrom von Fichtenberg bis Stehla sowie zwei alte Elbschlingen. Die Elbe ist wichtiger Lebensraum für zahlreiche gefährdete Fischarten wie Rapfen , Flussneunauge, Stromgründling oder Lachs, die auf eine ökologische Durchgängigkeit und naturnahe Ufer- sowie Sohlstrukturen angewiesen sind. Natürliche Ufer mit Ablagerungen von Sanden und Kiesen sind außerdem Habitate für die Larven der Grünen Keiljungfer (Ophiogomphus cecilia), die ihre Eier in Flachwasserbereichen (30-40cm) ablegt und als Imago insektenreiche Land-Lebensräume benötigt. Gleichzeitig ist die Elbe ein Gewässer 1. Ordnung und Bundeswasserstraße, die für die Gewährleistung der Schifffahrbeit entsprechend unterhalten werden muss und deren Ufer mit Buhnen und Deckwerken gesichert ist. Der Altarm „Alte Elbe bei Mülberg“ ist ein nährstoffreiches Gewässer (LRT 3150) und wichtiges Habitat für Amphibien. Auf den Deichen und im Deichvorland domininieren Magere-Flachland-Mähwiesen. In den Überschwemmungsbereichen gibt es außerdem fragmentarische Übergänge zu den Brenndolden-Auenwiesen, teilweise auch mit Vorkommen des seltenen Wiesenknopfs.
Anmerkung: Die FFH-Gebiete "Elbdeichvorland Mühlberg-Stehla" und "Elbe (Teilgebiet LK Elbe-Elster) wurden zusammengelegt zu "Elbe bei Mühlberg".