Das FFH-Gebiet „Mittellauf der Schwarzen Elster“ umfasst einen Teil des Flusslaufs der Schwarzen Elster sowie verschiedene umgebende Auenbereiche und befindet sich teilweise im Naturpark Niederlausitzer Heidelandschaft. Die Schwarze Elster ist Teil des Flusseinzugsgebietes der Elbe. Der sandgeprägte Tieflandfluss wurde vollständig begradigt und mit Staustufen und Wehren reguliert. Sie weist nur eine schmale, beiderseitig der Ufer bandförmig den Fluss begleitende rezente Überflutungsaue auf. Daran schließen sich die Deiche an.

Die Zuflüsse Alte Elster, Alte Röder, Rieke und Scheidelache sind darüber hinaus teilweise noch naturnah ausgeprägt und es gibt viele Altarme und Kleingewässer. Damit ist das Gebiet Lebensraum und Verbindungskorridor für zahlreiche Tierarten. Teile der Entwässerungsgräben sind Schwerpunktraum des vom Aussterben bedrohten Froschkrautes (Luronium natans). Die Schwarze Elster war einstmals besonders fischreich. Trotz eines starken Rückgangs der Fischfauna hat der Fluss noch immer eine relativ hohe Bedeutung für verschiedene, teilweise gefährdete Fischarten.

Anmerkung: Infolge der 10. Erhaltungszielverordnung (10. ErhZV) vom 25. Juli 2017 wurden die FFH-Gebiete "Alte Elster und Riecke Teil I und II", "Alte Röder bei Prieschka", "Mittellauf der Schwarzen Elster" und "Mittellauf der Schwarzen Elster Ergänzung" zusammengelegt. Das neue Gebiet behält den Namen „Mittellauf der Schwarzen Elster“.

Managementplan für die Natura-2000-Gebiete: Alte Elster und Riecke; Alte Röder bei Prieschka; Mittellauf der Schwarzen Elster; Mittellauf der Schwarzen Elster Ergänzung